La marea gris comienza contando la historia de Juan, un hombre que se mudó al barrio de Mercedes en lo años 60. El paraíso local terminó con la apertura de la fábrica MACROMER, que trabaja pieles y cueros. Esta empresa vierte sus residuos tóxicos de forma clandestina en las cloacas, que derivan en el Canal de la calle 16, contaminando así el medio ambiente y perjudicando a la salud de los vecinos, quienes padecen enfermedades a causa de elementos químicos como el hierro o azufre.
Las autoridades parecen no responder ante las leyes que combatirían la alarmante situación que los habitantes de Mercedes y sus alrededores viven.